1. 池塘处理：池塘注水前1周，用100－300倍的EM菌原液稀释液和EM菌原液制作的防虫液代替石灰、漂——白——剂等均匀喷洒，消毒和净化池塘。
2. 水质净化：在放养前3－10天，用EM菌原液稀释液泼洒水面。视水质情况，开始15天1次，以后为1个月1次，水质较差的地方，适当缩短泼洒时间，比例可按总水量的一万分之一～十万分之一～三十万分之一投入EM菌原液量。为了均匀喷施，先将EM菌原液稀释后使用（下雨时喷洒效果最佳）。
3. 鱼饲料的处理：由于鱼饲料为颗粒状，可用200倍的EM菌原液稀释液喷洒饵料，喷湿为度，马上投喂，以免散开。
4.有机肥和粪便的处理：要投入水体的有机肥（青草液肥）和粪便应先用EM菌原液处理，发酵后方可投入水面（发酵方法参见第三章）。
5. 鱼病防治：如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌原液稀释液均匀泼洒水面，3－5小时可好转，鱼恢复正常。此后可隔1－2天再泼1－2次。个别的真菌性鱼病、细菌性肠炎、烂鳃