(一)球虫病
球虫病是麝鼠的常见病。
1．症状 患病鼠消瘦，被毛蓬乱、缺乏光泽，精神萎靡不振，尾部多被粘稠粪便污染，腹部膨大下垂。患病鼠通常取腹卧姿势，有时翻动一下身体，又突然侧身倒下，头向后仰，痉挛而死亡。
2．防治 本病的防治可在饲料中加入呋喃类药，每千克体重10~15毫克，连喂1周;然后按每千克体重50毫克的比例混入磺胺嘧啶，投喂4天，再投喂4天氯霉素。与此同时，必须加强兽区卫生，及时清除粪便，使饲料和饮水不被污染;勤换垫草，保持干燥。
(二)急性胃肠炎
急性胃肠炎是由于饲养管理不当，饲料霉变污秽不洁，或饲料突然改变所致。
1．症状 患病鼠精神萎靡，步态摇晃，体温升高，卧在窝室，排黄绿色或白色粘稠胶冻样粪便;有口渴感，最后无力、惊厥而死亡。
2．防治 本病的防治应保证饲料新鲜清洁;用0.5克土霉素加复合维生素B0.1克用蜂蜜调稠内服，每日2次，连服3~5天。
(三)仔鼠腹泻
仔鼠腹泻是由大肠杆菌引起的，哺乳期仔鼠剧烈腹泻，迅速衰竭并件有败血症。本病死亡率高。
1.症状 大肠杆菌是随污染的饲料和饮水经口进入消化道而引起仔鼠发病的。患病鼠的临床症状表现为:病初有黄色粘液状稀粪粘于肛门周围及尾根部，有时粪痂堵塞肛门难以剥
脱，继而则排出恶臭水样稀粪，污染臀部及全身被毛，患病鼠迅速消瘦。
2．防治 本病的主要防治措施是加强饲养管理，要供给仔鼠干净并富有维生素的饲料和清洁新鲜的饮水。每年初春和深秋季节应加强防寒保温工作，鼠舍温度要保持相对的稳定。本病可用胃蛋酶、磺胺脒、氯霉素、痢特灵饲喂治疗，待腹泻停止1~2天后可停止喂药。
(四)领下脓肿
颌下脓肿是由病原体链球菌引起的疾病。大多数情况下本病都发生在成年鼠中。患病鼠表现为鼠颌下有鸽卵佯大小的脓肿，如果不切除排脓，可能自己破溃，使病鼠体质减弱。本病的主要治疗方法是进行人工手术，即用消毒后的剪刀剪去毛发，消毒、切开皮肤，用止血钳作钝性剥离和暴露，并将脓肿包囊完整地去除，然后缝合皮肤;或经过剪毛、消毒后，在脓肿突出处用手术刀切开1~2厘米的切口，将脓汁挤出，并注入3%双氧水溶液，用消毒棉球除净脓汁，再用5%碘酒消毒切口，不用缝合。另外也可以喂一些抗菌消炎类药物，如磺胺噻唑0.25克，每日两次，直到脓肿完全消失为止。
(五)细菌性肺炎
细菌性肺炎是由肺炎球菌引起的散发性疾病，一年四季均可发生，但以冬季发病率为高。一般情况下，由于呼吸道粘膜的屏障作用及呼吸道粘膜分泌的溶菌酶等的防御作用，麝鼠不会患此病。但是，当其抵抗力下降时，就会引起疾病的发生。
1．症状 患病鼠的临床症状表现为被毛蓬松、呼吸不正常。
2．防治 平常应以预防为主。本病可以投喂长效磺胺，每只成年鼠每日口服2毫克，幼鼠减半，可将药溶解于鼠的饮水中，让鼠饮用，连续1周，即可起到良好的疗效。