种鸭饲养方式一般采用开放式散养，所产的种蛋往往被粪便或垫料污染，其中的病原菌能够在蛋壳表面孳生，并迅速繁殖。尽管蛋壳外有一层胶质性的保护膜，蛋壳、壳内膜是鸭胚胎的天然屏障。但是，这些天然屏障也不能完全将细菌拒之门外，蛋壳表面的细菌会通过气孔侵入蛋内。因此必须及时对种蛋进行消毒。一般情况下，新鲜种蛋在入库保存前消毒一次。孵化前在孵化器内再消毒一次，以防止病原菌污染孵化器，传染疾病，使孵化率和健雏率下降。 

    消毒种蛋常用的消毒剂有高锰酸钾、福尔马林、过氧乙酸、次氯酸钠、新洁尔灭等。用高锰酸钾和福尔马林熏蒸消毒是目前国内常用的方法，操作方便，灭菌杀毒效果显著。种蛋收集后，立即装盘上架，在专用的熏蒸室内，按每立方米容积加福尔马林42毫升、高锰酸钾21克的比例，将福尔马林倒入盛有高锰酸钾干粉的容器中，熏蒸30分钟。熏蒸时关严门窗，保持温度24℃以上，湿度75%以上，熏后排出气体。为了防止种蛋在保存期间又被污染，在入孵升温前可用同法再消毒一次，用药量减少1/3。

    种蛋消毒除用熏蒸法外，完全可以采用喷雾法进行。方法是将5%的新洁尔灭配制成0.1%的溶液（水与5%新洁尔灭之比为50:1），均匀喷洒在种蛋表面。采用过氧乙酸消毒时，将20%的过氧乙酸配制成0.1%的溶液,均匀喷洒在种蛋表面。上述两种消毒液的使用效果良好，能有效杀灭细菌、真菌和病毒。