选择种蛋应严格按照肉鸭品种的种蛋质量要求进行。首先，种蛋应来源于有国家颁发的种畜禽生产许可证的种鸭场。要求种鸭场应针对我国目前疫病的流行特点，按照国家法令对种鸭进行严格免疫；免疫指标达到合格，种鸭未感染过传染性疫病。 

    第二，种蛋形状、大小、蛋壳质量要求。种蛋的形状、大小、蛋壳质量与种蛋孵化率关系密切。蛋形指数（长轴长度与短轴长度之比）是衡量蛋形是否正常的指标。合格鸭蛋呈卵圆形，蛋形指数在1.35～1.43之间，应淘汰崎形（过长、过圆）蛋。蛋重应符合品种特征，淘汰过大、过小的种蛋。蛋壳质地应均匀，表面应光滑，有光泽。应严格淘汰钢皮蛋、软皮蛋、砂皮蛋、螺纹蛋和裂纹蛋。 

    第三，种蛋表面应保持洁净。我国目前饲养肉种鸭主要采用开放式鸭舍、铺垫草养殖模式。种蛋表面往往被鸭粪污染，特别是在夏季阴雨季节，种蛋被污染问题更严重，使细菌大量繁殖，造成孵化环境、孵化器严重污染，降低孵化率和健雏率。夏季种蛋孵化率大幅度降低，孵化中、后期死胚量急剧增加与种蛋被严重污染有密切关系。因此避免种蛋被鸭粪污染，保持蛋壳清洁。如果发现种蛋表面被粪便污染，应立即采取洁净措施，如擦掉粪便或水洗干净后，进行消毒处理。种蛋应保持新鲜。 

    第四，种蛋的新鲜程度与保存期密切相关。保存时间越短越新鲜。新鲜种蛋蛋壳鲜艳，蛋内水分蒸发量少，营养物质含量变化小，孵化时胚胎活力强，出雏整齐，出雏率高。雏鸭健康活泼，成活率高。一般说来，种蛋保存期应在1周以内。