清热解毒类中草药抗病原微生物效果尤为显著，在抑制病原微生物的同时，还能激发动物有机体抗感染能力，增强细胞和肝脏网状内皮系统的吞噬功能，促进抗体形成，抑制对抗体产生破坏性的免疫反应，使炎症部位毛细血管的通透性改善，抑制其渗出和限制炎症的发展，有镇痛、解毒和修补被损组织，加强垂体、肾上腺皮质活动的功能，增强机体的抗应激能力。

1. 增强机体器官组织抗菌能力

党参、鸡血藤、阿胶、何首乌、蟾酥等通过刺激血细胞生成、生长而抗菌；何首乌含有卵磷脂，卵磷脂是神经、脑髓、红细胞的原材料,可增加抗菌能力；枸杞等因刺激造血功能而抗菌；灵芝等促进脾脏功能而抗菌。此外，丹参、桔梗、当归、大蒜、金银花、穿心莲、黄连、灵芝等，可使吞噬细胞消化、溶解细菌，达到直接杀菌作用，桔梗、蟾酥等有提高溶菌酶活性的作用，黄芪、丹参等刺激干扰素生成，防止细菌侵入正常细胞内进行复制。

2.作用于细菌的结构和代谢

黄柏等能抑制细菌呼吸和抑制细菌的合成；金银花可直接作用于细菌的细胞壁，抑制细菌细胞壁RNA的合成；大蒜等能使细菌失去半胱氨酸，使细菌不能进行生物氧化作用，同时还可使细菌巯基失活，抑制与细胞生长、繁殖有关的巯基，达到抗菌作用。