棉籽饼粕中主要对动物有毒的物质为棉酚及它的衍生物(棉酚紫,棉酚青色素等)。其中以棉酚的含量较高，且毒性较大。棉酚是一种复杂的多元酚类化合物，具有活性羟基、活性醛基的多元酚类化合物为游离棉酚；而与蛋白质、氨基酸、磷脂等物质结合，没有活性羟基、活性醛基的多元酚类化合物为结合棉酚，其丧失了活性，对动物是无毒的。

1、游离棉酚对反刍动物的危害：由于反刍动物消化过程中特殊的瘤胃环境，使棉籽饼粕中游离棉酚对于成年的反刍动物危害较小，可以把棉粕作为一种正常的蛋白质饲料而大量饲用。但对于瘤胃功能发育不全的幼畜来说，棉酚还是有一定的毒性。

2、游离棉酚对单胃动物的危害：它可损害肝细胞、心肌和骨胳肌，与体内硫和蛋白质稳定地结合，损害血红蛋白中的铁，导致贫血。此外，棉籽中尚含有一种具有环丙烯结构的脂肪酸，导致母鸡卵巢和输卵管萎缩，产卵量降低及卵变质。

3、检测方法：饲料中游离棉酚的测定方法　GB/T13086—1991

4、去毒措施：在解决棉籽及棉籽饼粕去毒问题时，为保存棉籽蛋白质的生物学价值或氨基酸的有效性，应从多方面着手，包括培育和推广无腺体棉花品种，改进棉籽的加工工艺，对含毒量高的棉籽饼在饲喂前进行脱毒处理等：① 培育无腺体棉花的品种。中国现已培育出适合中国自然条件的无腺体棉籽品种，这种无腺体棉籽饼粕中游离棉酚含量在 0.04% 以下。② 改进棉籽的加工工艺与技术。现行的传统加工工艺，由于强烈的湿热处理、棉籽中的游离棉酚与蛋白质等结合形成结合棉酚，使棉籽中蛋白质的消化率和赖氨酸的有效性降低。为了在制油工艺中排除游离棉酚并保持棉籽饼蛋白质的品质，采取先压后浸法，即先将料坯轻度蒸炒（蒸炒温度低，结合棉酚形成少，赖氨酸损失也少），用自动螺旋机榨出大部分棉籽油（大部分游离棉酚随棉籽油排出），然后再用有机溶剂将剩余棉籽油从油粕中浸提出来。这种制油工艺可达到既充分提净游离棉酚，又保持棉籽饼粕营养价值的效果。③ 棉籽饼粕的脱毒处理。对于棉酚含量超过 0.1% 的棉籽饼，尤其是土榨棉籽饼，应进行脱毒处理。一般采用的方法有：硫酸亚铁法、碱处理法、加热处理法和微生物发酵去毒法。

5、合理利用：一般含游离棉酚0.06%～0.08% 的机榨或预压浸出的棉籽饼粕，可不经去毒处理，直接与其它饲料配合使用，在生长肥育猪、肉鸡饲粮中可占10%～20% ，母猪及产蛋鸡饲粮中可占5%～10%。游离棉酚含量超过0.2%的棉籽饼应去毒后用作饲料，但应小心使用。用棉籽饼作饲料时，配方中蛋白质含量最好稍高于规定的饲养标准。由于棉籽饼粕中赖氨酸的含量和利用率均低于豆饼，故在饲料中补充合成赖氨酸或适量的鱼粉、血粉均可获得较好的效果。