从植物中萃取食品添加剂的成本高，且来源有限，化学合成法生产食品添加剂虽成本低，但化学合成率低，周期长且可能危害人体健康。因此，生物技术，尤其是发酵工程技术已成为食品添加剂生产的首选方法。目前，利用微生物技术发酵生产的食品添加剂主要有维生素(ＶＣ、ＶＢ１２、ＶＢ２)、甜味剂、增香剂和色素等产品。发酵工程生产的天然色素、天然新型香味剂，正在逐步取代人工合成的色素和香精，这也是现今食品添加剂研究的方向。
氨基酸生产过去都是采用动植物蛋白质提取和化学合成法生产，而采用基因工程和细胞融合技术生成的“工程酶”进行发酵，其生产成本下降、污染减少，产量可成倍增加。
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